Table 1.

Primers for DGGE analysis of the ATM gene

Forward primer sequence (5′ → 3′)Reverse primer sequence (5′ → 3′)Product length, bp
Primers for mutation analysis (exons)    
 4 TGATGTGTGTTCTGAAATTGT [40GC]-CAAGGAAAAATTGAATTTAAGTA 170 
 5 [8GC]-CCCATTATTATTTCCTTTTTA [40GC]-ACAGTAAAATAAATTTGAATAGAAT 213 
 6 [40GC]-AAGTATTCAACGAGTTTCTGA [11GC]-TTTATTTATAATTTATAACATCACTT 269 
 7 [40GC]-TTTTCTTTATTTGTTTATTTTGA AAACAACAACCTTCAAAACA 256 
 8 [40GC]-TGACTAATAATTTTgTTTTTTT ACAAAAGAAAAAGAGATTAGATT 259 
 9I AGTTGAGCTTGTTTGTTTCTT [40GC]-TGAAATAATTCAATAATGACTTCT 255 
 9II [40GC]-AACATAGGCTTAATGATTCTTTA CTATGTTTGAATGAAGAAGCA 195 
 10 [40GC]-ATTACATTTTAATTTTTTGGAT TGTGACATGACCTACTTACTGT 255 
 11 [40GC]-AAAAAAAGAAAAAAGTGGATT GAATGAGAAAATGGTAACAC 271 
 12I [40GC]-TCAAATTATCCTTTTTTgTTTTTT ACACATATGGTGTACGTTCCC 200 
 12II GATGATACTATCTCAGCTTCTACCC [40GC]-CCAAATTTTATTCCAGAGTTTT 200 
 12III [40GC]-CCTAGAAAGCTCACAAAAGTC ACATAATGCATGCTGAACTT 257 
 13I CAATTGTCCTTTGTTTTGT [40GC]-TAGAATAAGAGCCATTTCATT 205 
 13II [13GC]-CTTTTCTTTAAAGGAATCAAT [40GC]-aaaaATAAAACAAACAAAAAAAACA 198 
 14 [5GC]-GTGAAGCTTTTTGTTTTTCTT [40GC]-ATAGCTTAAAATGATAAAGAGCA 206 
 15I [40GC]-TTTATATATTAAAGATCTTACTTTCT GGACAGAGAAGCCAATAC 220 
 15II ATAGAAAAGCACCAGTCCA [40GC]-TAAGCTTAGTTCTTTTTTTAAAA 185 
 16I [40GC]-AATATATATATTTTTATTTGTGGTT ACCAAAAGACGTGAACAC 118 
 16II CAAATTCAGAAACTCTTGTCC [40GC]-CGAAACTTTATTAGTATAAATTCTC 190 
 17 [40GC]-ATTTTAACTGGAATTTGCATT [5GC]-ACAAAACAAGAAGAAGAAAATCT 238 
 18 TTGGTTCTTTGTTTGTCTTAA [40GC]-AATTATGCCTATTAGAATCAAAA 209 
 19 AACATCTTTGTTTCTCTTCCT [40GC]-AAGAAGTAAAAGAAATCCCAA 278 
 20 [40GC]-TTAGTGTTAATGAGTGCTTTTT GCTTCTTCATTTAACGTAACT 294 
 21 [40GC]-ATTTTTTTCCCTCCTACCA [10GC]-ACATAACATAAGGTTTTAATTTCTT 185 
 22 [40GC]-ttttttttAGTTGAACTTTTTTTgTTTTTTTAC GACCACAAAATAGACTGTACC 263 
 23 [40GC]-ATCAGAATGATTATTTAACTTTG ACTAAAAAAATGCAAAAACTC 182 
 24 [40GC]-TTTTTCTCTATTTCATATTTAACC [7GC]-TCATGAATATTTGACCCATT 242 
 25 [5GC]-TGTTTGTTTGCTTGCTTGT [40GC]-CAGCAAATACATGTTACTTAAAAT 215 
 26 [40GC]-CATTTTgTTTTTAATTTCTTT [8GC]-TCTAATAAAATACTCATCCATAT 275 
 27 CACATTGACTTTTTGGTTC [40GC]-TCACATATGTCATGTATAAACTT 259 
 28I [40GC]-ACCTGTATTTTAAATTccgcTTTCTATT [6GC]-GGCAAAATAAGGAAGAATAT 230 
 28II CTTTCCAAAGATTCTTGTAA [40GC]-TACATAAAAATTGAAGCCAT 198 
 29 [40GC]-TATATTTTAATTTTGTGCCCT [10GC]-TAGTTCTCTAAGTTTAAAATGTACA 218 
 30 CTGTATTTTTTCCCTTAACTC [40GC]-ATTATTAAACTCATCATGTATACTT 221 
 31I [9GC]-AAGTTTTTACTAAATCTGTTTATT [40GC]-GCCACTTTTTATATCTTTCA 211 
 31II [11GC]-TCACCTGTTTGTTAGTTTATT [40GC]-ATATATTGGTCTAcccAATATGTTATTT 195 
 32 [13GC]-TTGTTTTTTTTTCTCCCTAT [40GC]-TTTTAAATACCATTTTGAAGAT 280 
 33 [40GC]-CCTTATAATTTTTTCTTTTTAAA AATAGTAGATGATGAAATTTTTAT 275 
 34 [40GC]-AAAGCAAGTTACATTTTCTC CCATGTCATTTAAAATTAGC 221 
 35 [40GC]-AAACTAATTTTTAAAAAATTATT AGCGCATGACTGTAGTTT 200 
 36 [7GC]-ACCTATGACTCTACTGAAATAGA [40GC]-TACATATAAGGTATCAATAAATACT 284 
 37 ATAGGCATTTGAATTGTTTTT [40GC]-CTGGGTATTCAATAAACATTTAT 243 
 38 [8GC]-ACATTTTCTAATCCCTTTCT [40GC]-TTATATCAGACTAATTAATCTTCTT 278 
 39I [40GC]-TGGGTGGATTTGTTTGTATAT TCGTTTGCGAGAAGTGTC 211 
 39II [10GC]-TCTACACATGTTCAGGGAT [40GC]-TAATAGAATACCTGAATCCAA 149 
 39III GATCCACAACCCCTGCAA [40GC]-CATCTTTCTCTAGAACTGAGTTTACA 125 
 40 [5GC]-TGAGGGGAGATATTTTTGTT [40GC]-AAGAAGCAACACTCATTACATT 183 
 41 [40GC]-AAAGTGAATGACATTATATCTCA [10GC]-CCAAAAATTCTAAATTCCAT 263 
 42 CCAAATAGTATGTTCTCATTAAA [40GC]-TGTCATAAATAATAGAGCCTCTA 204 
 43 [40GC]-AATTTTTGTTGTTTCCATGTT [7GC]-GTTGTTTAGAAAAATGCAATTT 186 
 44 [40GC]-AGCTATTTTCACAATCTTTTC [7GC]-CTTTACCAAATCTGGGAAA 204 
 45 [40GC]-aaaaaaTTAAAAACAAAATAACTCCTG AAAAATCAAGTCAAATTTCTT 244 
 46 GTATATTTTTTTCTTTGACTTATCT [40GC]-CAGTAACTTTGTCTTTTCATAAT 200 
 47 [40GC]-GAGTGTCTTTTCTTTTTTGCT [10GC]-GGATAACAAAGTCATACGAATTAC 224 
 48 [4GC]-CATGAACTCTATGTCGTGGC [40GC]-CAAGAGGTAAGATGACATAGTTTTA 340 
 49I [10GC]-TTATTCCCATATGTCATTTTC [40GC]-AGACTCCACAGCTAACTGAA 146 
 49II [40GC]-AATATTTCAAATTAAACAGTACAA CAGCCAATAAAAAAAACAA 215 
 50 [40GC]-TATTTTAAGATTTTGCCTTTC [7GC]-GGTTGCTCCAAAAATCTT 210 
 51 [40GC]-GTAAATATAATTTAAATTGGTTGT [5GC]-TTGTAGAAACCTAGTT 315 
 52I [40GC]-TTGTGTTTTACCTTAATTATTCTAT [11GC]-TATAATTTTCAACTGCTTTACA 185 
 52II [40GC]-AGAGGATCGTAAACGCTTCTT AGAATATTGGGCTGAGTAACACT 214 
 53 [40GC]-CTTAATTTTGTGTCTTTTTTTTAAT [5GC]-GGTTTGATTTTCAGGTTTACT 213 
 54 [40GC]-TGCATAAATCTAATAGTTCTTTTCT [4GC]-GGTACGTATGTTTAATCCAAA 257 
 55 [40GC]-TTGGGTAGTTCCTTATGTAA [8GC]-TTTCTTCTTTAAAAAAAACAT 253 
 56 [10GC]-TTTGTCACTAAAATCTCTTCAT [40GC]-AATCAAGAGTTAATTGCAAATT 191 
 57 [40GC]-TATTATCAATCATGTTTATACTTTT CAGAGAAGGGAAGGCTC 230 
 58 CTTGTTTATTCATGCTTAATTATT [40GC]-GTGAACTAACAGAAGTACAAATAGT 223 
 59 TAATGGCCTTTTAAAATTAAAA [40GC]-CTTTAATTTTGGGTGTCACTC 262 
 60I [40GC]-GAAAAATAATTATATATATTCTCTATT GATCCAAGAATTTTTCCA 178 
 60II [5GC]-GTTTTCCGTTACTTCTGC [40GC]-CAATCTACTATATGTACAAGAAGAT 170 
 61 [3GC]-CAGATTGTTTGTTTCTTTTTT [40GC]-AAAGAATAGATACATAGATTTTATTA 186 
 62 [40GC]-CTCCTAACTTCACTGTATTCTTT [5GC]-CCCTCCTTTACTTCATATCACT 215 
 63 AAATCCGTATTTATAATGTGTTTGA [40GC]-CCTGGTAAGAAAAAAAATAAAGTCT 139 
 64 [40GC]-TCTTTTAATACATATGTTCTCTCTG AGGACCTTCTTAAAATACTGC 232 
 65 [40GC]-CACCTCACTGAAACCTTTGTGT AAGGCTGAATGAAAGGGTAATT 293 
Primers for deletion analysis (introns)    
 4 [40GC]-TGATAGAGCTACAGAACGAAA TTTCAGGATCTCGAATCAG 184 
 7 [40GC]-AGTCATGAATAATATATCAGGTGC GAACTCTGGTTTACTTGGGTT 157 
 17 [40GC]-GTTATTATAACTCTAAGAAAAGATGTG TAACAATCGCAGGAAAAAG 250 
 22 TTTGGCAAGGTGAGTATGTTG [40GC]-GCAATTTACTAGGGCCATTCT 250 
 48 TTGGAATTAGATCTGACTTTT [40GC]-ATGTATGTGTATCTGTGTGTACAT 200 
 62 [40GC]-ATGCTATTTTGAGATACAGATATGT AGAGTTTCTCATCACTTCCATGGTTT 212 
 63 [40GC]-AGACTTTATTTTTTTTCTTACCAG TAAGTGCACAATCTCCTCCT 169 
Forward primer sequence (5′ → 3′)Reverse primer sequence (5′ → 3′)Product length, bp
Primers for mutation analysis (exons)    
 4 TGATGTGTGTTCTGAAATTGT [40GC]-CAAGGAAAAATTGAATTTAAGTA 170 
 5 [8GC]-CCCATTATTATTTCCTTTTTA [40GC]-ACAGTAAAATAAATTTGAATAGAAT 213 
 6 [40GC]-AAGTATTCAACGAGTTTCTGA [11GC]-TTTATTTATAATTTATAACATCACTT 269 
 7 [40GC]-TTTTCTTTATTTGTTTATTTTGA AAACAACAACCTTCAAAACA 256 
 8 [40GC]-TGACTAATAATTTTgTTTTTTT ACAAAAGAAAAAGAGATTAGATT 259 
 9I AGTTGAGCTTGTTTGTTTCTT [40GC]-TGAAATAATTCAATAATGACTTCT 255 
 9II [40GC]-AACATAGGCTTAATGATTCTTTA CTATGTTTGAATGAAGAAGCA 195 
 10 [40GC]-ATTACATTTTAATTTTTTGGAT TGTGACATGACCTACTTACTGT 255 
 11 [40GC]-AAAAAAAGAAAAAAGTGGATT GAATGAGAAAATGGTAACAC 271 
 12I [40GC]-TCAAATTATCCTTTTTTgTTTTTT ACACATATGGTGTACGTTCCC 200 
 12II GATGATACTATCTCAGCTTCTACCC [40GC]-CCAAATTTTATTCCAGAGTTTT 200 
 12III [40GC]-CCTAGAAAGCTCACAAAAGTC ACATAATGCATGCTGAACTT 257 
 13I CAATTGTCCTTTGTTTTGT [40GC]-TAGAATAAGAGCCATTTCATT 205 
 13II [13GC]-CTTTTCTTTAAAGGAATCAAT [40GC]-aaaaATAAAACAAACAAAAAAAACA 198 
 14 [5GC]-GTGAAGCTTTTTGTTTTTCTT [40GC]-ATAGCTTAAAATGATAAAGAGCA 206 
 15I [40GC]-TTTATATATTAAAGATCTTACTTTCT GGACAGAGAAGCCAATAC 220 
 15II ATAGAAAAGCACCAGTCCA [40GC]-TAAGCTTAGTTCTTTTTTTAAAA 185 
 16I [40GC]-AATATATATATTTTTATTTGTGGTT ACCAAAAGACGTGAACAC 118 
 16II CAAATTCAGAAACTCTTGTCC [40GC]-CGAAACTTTATTAGTATAAATTCTC 190 
 17 [40GC]-ATTTTAACTGGAATTTGCATT [5GC]-ACAAAACAAGAAGAAGAAAATCT 238 
 18 TTGGTTCTTTGTTTGTCTTAA [40GC]-AATTATGCCTATTAGAATCAAAA 209 
 19 AACATCTTTGTTTCTCTTCCT [40GC]-AAGAAGTAAAAGAAATCCCAA 278 
 20 [40GC]-TTAGTGTTAATGAGTGCTTTTT GCTTCTTCATTTAACGTAACT 294 
 21 [40GC]-ATTTTTTTCCCTCCTACCA [10GC]-ACATAACATAAGGTTTTAATTTCTT 185 
 22 [40GC]-ttttttttAGTTGAACTTTTTTTgTTTTTTTAC GACCACAAAATAGACTGTACC 263 
 23 [40GC]-ATCAGAATGATTATTTAACTTTG ACTAAAAAAATGCAAAAACTC 182 
 24 [40GC]-TTTTTCTCTATTTCATATTTAACC [7GC]-TCATGAATATTTGACCCATT 242 
 25 [5GC]-TGTTTGTTTGCTTGCTTGT [40GC]-CAGCAAATACATGTTACTTAAAAT 215 
 26 [40GC]-CATTTTgTTTTTAATTTCTTT [8GC]-TCTAATAAAATACTCATCCATAT 275 
 27 CACATTGACTTTTTGGTTC [40GC]-TCACATATGTCATGTATAAACTT 259 
 28I [40GC]-ACCTGTATTTTAAATTccgcTTTCTATT [6GC]-GGCAAAATAAGGAAGAATAT 230 
 28II CTTTCCAAAGATTCTTGTAA [40GC]-TACATAAAAATTGAAGCCAT 198 
 29 [40GC]-TATATTTTAATTTTGTGCCCT [10GC]-TAGTTCTCTAAGTTTAAAATGTACA 218 
 30 CTGTATTTTTTCCCTTAACTC [40GC]-ATTATTAAACTCATCATGTATACTT 221 
 31I [9GC]-AAGTTTTTACTAAATCTGTTTATT [40GC]-GCCACTTTTTATATCTTTCA 211 
 31II [11GC]-TCACCTGTTTGTTAGTTTATT [40GC]-ATATATTGGTCTAcccAATATGTTATTT 195 
 32 [13GC]-TTGTTTTTTTTTCTCCCTAT [40GC]-TTTTAAATACCATTTTGAAGAT 280 
 33 [40GC]-CCTTATAATTTTTTCTTTTTAAA AATAGTAGATGATGAAATTTTTAT 275 
 34 [40GC]-AAAGCAAGTTACATTTTCTC CCATGTCATTTAAAATTAGC 221 
 35 [40GC]-AAACTAATTTTTAAAAAATTATT AGCGCATGACTGTAGTTT 200 
 36 [7GC]-ACCTATGACTCTACTGAAATAGA [40GC]-TACATATAAGGTATCAATAAATACT 284 
 37 ATAGGCATTTGAATTGTTTTT [40GC]-CTGGGTATTCAATAAACATTTAT 243 
 38 [8GC]-ACATTTTCTAATCCCTTTCT [40GC]-TTATATCAGACTAATTAATCTTCTT 278 
 39I [40GC]-TGGGTGGATTTGTTTGTATAT TCGTTTGCGAGAAGTGTC 211 
 39II [10GC]-TCTACACATGTTCAGGGAT [40GC]-TAATAGAATACCTGAATCCAA 149 
 39III GATCCACAACCCCTGCAA [40GC]-CATCTTTCTCTAGAACTGAGTTTACA 125 
 40 [5GC]-TGAGGGGAGATATTTTTGTT [40GC]-AAGAAGCAACACTCATTACATT 183 
 41 [40GC]-AAAGTGAATGACATTATATCTCA [10GC]-CCAAAAATTCTAAATTCCAT 263 
 42 CCAAATAGTATGTTCTCATTAAA [40GC]-TGTCATAAATAATAGAGCCTCTA 204 
 43 [40GC]-AATTTTTGTTGTTTCCATGTT [7GC]-GTTGTTTAGAAAAATGCAATTT 186 
 44 [40GC]-AGCTATTTTCACAATCTTTTC [7GC]-CTTTACCAAATCTGGGAAA 204 
 45 [40GC]-aaaaaaTTAAAAACAAAATAACTCCTG AAAAATCAAGTCAAATTTCTT 244 
 46 GTATATTTTTTTCTTTGACTTATCT [40GC]-CAGTAACTTTGTCTTTTCATAAT 200 
 47 [40GC]-GAGTGTCTTTTCTTTTTTGCT [10GC]-GGATAACAAAGTCATACGAATTAC 224 
 48 [4GC]-CATGAACTCTATGTCGTGGC [40GC]-CAAGAGGTAAGATGACATAGTTTTA 340 
 49I [10GC]-TTATTCCCATATGTCATTTTC [40GC]-AGACTCCACAGCTAACTGAA 146 
 49II [40GC]-AATATTTCAAATTAAACAGTACAA CAGCCAATAAAAAAAACAA 215 
 50 [40GC]-TATTTTAAGATTTTGCCTTTC [7GC]-GGTTGCTCCAAAAATCTT 210 
 51 [40GC]-GTAAATATAATTTAAATTGGTTGT [5GC]-TTGTAGAAACCTAGTT 315 
 52I [40GC]-TTGTGTTTTACCTTAATTATTCTAT [11GC]-TATAATTTTCAACTGCTTTACA 185 
 52II [40GC]-AGAGGATCGTAAACGCTTCTT AGAATATTGGGCTGAGTAACACT 214 
 53 [40GC]-CTTAATTTTGTGTCTTTTTTTTAAT [5GC]-GGTTTGATTTTCAGGTTTACT 213 
 54 [40GC]-TGCATAAATCTAATAGTTCTTTTCT [4GC]-GGTACGTATGTTTAATCCAAA 257 
 55 [40GC]-TTGGGTAGTTCCTTATGTAA [8GC]-TTTCTTCTTTAAAAAAAACAT 253 
 56 [10GC]-TTTGTCACTAAAATCTCTTCAT [40GC]-AATCAAGAGTTAATTGCAAATT 191 
 57 [40GC]-TATTATCAATCATGTTTATACTTTT CAGAGAAGGGAAGGCTC 230 
 58 CTTGTTTATTCATGCTTAATTATT [40GC]-GTGAACTAACAGAAGTACAAATAGT 223 
 59 TAATGGCCTTTTAAAATTAAAA [40GC]-CTTTAATTTTGGGTGTCACTC 262 
 60I [40GC]-GAAAAATAATTATATATATTCTCTATT GATCCAAGAATTTTTCCA 178 
 60II [5GC]-GTTTTCCGTTACTTCTGC [40GC]-CAATCTACTATATGTACAAGAAGAT 170 
 61 [3GC]-CAGATTGTTTGTTTCTTTTTT [40GC]-AAAGAATAGATACATAGATTTTATTA 186 
 62 [40GC]-CTCCTAACTTCACTGTATTCTTT [5GC]-CCCTCCTTTACTTCATATCACT 215 
 63 AAATCCGTATTTATAATGTGTTTGA [40GC]-CCTGGTAAGAAAAAAAATAAAGTCT 139 
 64 [40GC]-TCTTTTAATACATATGTTCTCTCTG AGGACCTTCTTAAAATACTGC 232 
 65 [40GC]-CACCTCACTGAAACCTTTGTGT AAGGCTGAATGAAAGGGTAATT 293 
Primers for deletion analysis (introns)    
 4 [40GC]-TGATAGAGCTACAGAACGAAA TTTCAGGATCTCGAATCAG 184 
 7 [40GC]-AGTCATGAATAATATATCAGGTGC GAACTCTGGTTTACTTGGGTT 157 
 17 [40GC]-GTTATTATAACTCTAAGAAAAGATGTG TAACAATCGCAGGAAAAAG 250 
 22 TTTGGCAAGGTGAGTATGTTG [40GC]-GCAATTTACTAGGGCCATTCT 250 
 48 TTGGAATTAGATCTGACTTTT [40GC]-ATGTATGTGTATCTGTGTGTACAT 200 
 62 [40GC]-ATGCTATTTTGAGATACAGATATGT AGAGTTTCTCATCACTTCCATGGTTT 212 
 63 [40GC]-AGACTTTATTTTTTTTCTTACCAG TAAGTGCACAATCTCCTCCT 169 

[40GC] indicates CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG. Lowercase characters represent nucleotides incorporated into the primer to modulate the melting characteristics of the amplified segment.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal