Primers Used for PCR Assays
| No. . | Primer Orientation . | Sequence . |
|---|---|---|
| 1 | C α forward | 5′-GGG TCG ACG ACC TCA TGT CTA GCA CAG T-3′ |
| 2 | C α inverse | 5′-GCA TGC GGC CGC CCT GCT ATG CTG TGT GTC T-3′ |
| 3* | C β forward | 5′-GGG TCG ACC TGT GCA CCT CCT TCC CAT T-3′ |
| 4* | C β inverse | 5′-GCA TGC GGC CGC ATG GCC ATG GTC AAG AGA-3′ |
| J β 1 Group (anti) | ||
| 5 | J β 1.1 | 5′-AAC TGT GAG TCT GGT GCC TTG-3′ |
| 6 | J β 1.2 | 5′-AAC GGT TAA CCT GGT CCC CGA-3′ |
| 7 | J β 1.3 | 5′-AAC AGT GAG CCA ACT TCC CTC-3′ |
| 8 | J β 1.4 | 5′-GAC AGA GAG CTG GGT TCC ACT-3′ |
| 9 | J β 1.5 | 5′-GAT GGA GAG TCG AGT CCC ATC-3′ |
| 10 | J β 1.6 | 5′-CAC AGT GAG CCT GGT CCC ATT-3′ |
| J β 2 Group (anti) | ||
| 11 | J β 2.1 | 5′-CAC GGT GAG CCG TGT CCC TGG-3′ |
| 12 | J β 2.2 | 5′-TAC GGT CAG CCT AGA GCC TTC-3′ |
| 13 | J β 2.3 | 5′-CAC TGT CAG CCG GGT GCC TGG-3′ |
| 14 | J β 2.4 | 5′-CAC TGA GAG CCG GGT CCC GGC-3′ |
| 15 | J β 2.5 | 5′-CAC CAG GAG CCG CGT GCC TGG-3′ |
| 16 | J β 2.6 | 5′-CAC GGT CAG CCT GCT GCC GGC-3′ |
| 17 | J β 2.7 | 5′-GAC CGT GAG CCT GGT GCC CGG-3′ |
| V β primers (sense) | ||
| 18 | V β 1 | 5′-AAG AGA GAG CAA AAG GAA ACA-3′ |
| 19 | V β 2 | 5′-CAA TGA GGG CTG CAA GGC CAC-3′ |
| 20 | V β 3 | 5′-CGA CAA GAC CCA GGT CTG GG-3′ |
| 21 | V β 4 | 5′-TGA GGC CAC ATA TGA GAG TGG-3′ |
| 22 | V β 5a | 5′-TCA GTG AGA CAC AGA GAA AC-3′ |
| 23 | V β 5b | 5′-AAC TTC CCT GAT CGA TTC TC-3′ |
| 24 | V β 6 | 5′-TCA GGT GTG ATC CAA TTT C-3′ |
| 25 | V β 8 | 5′-CAA CAA CGT TCC GAT AGA TGA T-3′ |
| 26 | V β 12 | 5′-ACT CTG AGA TGT CAC CAG ACT-3′ |
| 27 | V β 13 | 5′-ACA CTG CAG TGT GCC CAG GAT-3′ |
| 28 | V β 15 | 5′-CCT TTG ATG TCA AAG ATA TAA-3′ |
| V α primers (sense) | ||
| 29 | V α 3 | 5′-GAT TAA GAG TCA CGC TTG ACA-3′ |
| 30 | V α 9 | 5′-CAC ATC TCT AGA GAG AGC ATC-3′ |
| No. . | Primer Orientation . | Sequence . |
|---|---|---|
| 1 | C α forward | 5′-GGG TCG ACG ACC TCA TGT CTA GCA CAG T-3′ |
| 2 | C α inverse | 5′-GCA TGC GGC CGC CCT GCT ATG CTG TGT GTC T-3′ |
| 3* | C β forward | 5′-GGG TCG ACC TGT GCA CCT CCT TCC CAT T-3′ |
| 4* | C β inverse | 5′-GCA TGC GGC CGC ATG GCC ATG GTC AAG AGA-3′ |
| J β 1 Group (anti) | ||
| 5 | J β 1.1 | 5′-AAC TGT GAG TCT GGT GCC TTG-3′ |
| 6 | J β 1.2 | 5′-AAC GGT TAA CCT GGT CCC CGA-3′ |
| 7 | J β 1.3 | 5′-AAC AGT GAG CCA ACT TCC CTC-3′ |
| 8 | J β 1.4 | 5′-GAC AGA GAG CTG GGT TCC ACT-3′ |
| 9 | J β 1.5 | 5′-GAT GGA GAG TCG AGT CCC ATC-3′ |
| 10 | J β 1.6 | 5′-CAC AGT GAG CCT GGT CCC ATT-3′ |
| J β 2 Group (anti) | ||
| 11 | J β 2.1 | 5′-CAC GGT GAG CCG TGT CCC TGG-3′ |
| 12 | J β 2.2 | 5′-TAC GGT CAG CCT AGA GCC TTC-3′ |
| 13 | J β 2.3 | 5′-CAC TGT CAG CCG GGT GCC TGG-3′ |
| 14 | J β 2.4 | 5′-CAC TGA GAG CCG GGT CCC GGC-3′ |
| 15 | J β 2.5 | 5′-CAC CAG GAG CCG CGT GCC TGG-3′ |
| 16 | J β 2.6 | 5′-CAC GGT CAG CCT GCT GCC GGC-3′ |
| 17 | J β 2.7 | 5′-GAC CGT GAG CCT GGT GCC CGG-3′ |
| V β primers (sense) | ||
| 18 | V β 1 | 5′-AAG AGA GAG CAA AAG GAA ACA-3′ |
| 19 | V β 2 | 5′-CAA TGA GGG CTG CAA GGC CAC-3′ |
| 20 | V β 3 | 5′-CGA CAA GAC CCA GGT CTG GG-3′ |
| 21 | V β 4 | 5′-TGA GGC CAC ATA TGA GAG TGG-3′ |
| 22 | V β 5a | 5′-TCA GTG AGA CAC AGA GAA AC-3′ |
| 23 | V β 5b | 5′-AAC TTC CCT GAT CGA TTC TC-3′ |
| 24 | V β 6 | 5′-TCA GGT GTG ATC CAA TTT C-3′ |
| 25 | V β 8 | 5′-CAA CAA CGT TCC GAT AGA TGA T-3′ |
| 26 | V β 12 | 5′-ACT CTG AGA TGT CAC CAG ACT-3′ |
| 27 | V β 13 | 5′-ACA CTG CAG TGT GCC CAG GAT-3′ |
| 28 | V β 15 | 5′-CCT TTG ATG TCA AAG ATA TAA-3′ |
| V α primers (sense) | ||
| 29 | V α 3 | 5′-GAT TAA GAG TCA CGC TTG ACA-3′ |
| 30 | V α 9 | 5′-CAC ATC TCT AGA GAG AGC ATC-3′ |
The common nucleotide sequences in 2 constant regions of the human TCR β chain genes were used.39