Table 1.

Overview of the 62 EBV Isolates in LCLs From 34 Individuals

GroupDonor No.LCL No.Xho I Site Present*Xho I Sequence†LMP-1 30-bp Deletion‡LMP-1 RepeatsρAdditional Single Base Mutations††
A 6 6 yes CTCGAG no 3+ A 168839 G: no 
       TG 168216-15 GA: S369D 
A 10 10 yes CTCGAG no 3+ G169334 C: W48C 
       C 168661 A: N220K 
A 11 11 yes CTCGAG no 3+ T 169051 A: C116S 
A 12 12-13 yes CTCGAG no 3+ A 169015 C: no 
A 33 61 yes CTCGAG no 3+ G 169358 C: W39C 
       A 169207 C: I90L 
A 32 60 yes CTCGAG no 3+ C 168964 T: no 
A 17 28-37 yes CTCGAG no 3+  
A 1 1 yes CTCGAG no 3+  
A 5 5 yes CTCGAG no 3+  
A 19 40-44∥ yes CTCGAG no 3+  
A 23 52 yes CTCGAG no 3+  
A 24 53 yes CTCGAG no 3+  
A 25 54 yes ND no 3+  
A 15 17 yes CTCGAG ND 3+  
B 8 8 yes CTCGAG no 6 G 168653 T: R223I 
       A 169220 C: no 
B 9 9 yes CTCGAG no 6 None 
B 27 56 yes ND no 3  
B 31 59 yes CTCGAG no 4  
C 2 2 yes CTCGAG yes 4 C 169096 A: H101N 
       G 168658 C: E 221D 
C 3 3** yes CTCGAG yes 5 C 168964 T: no 
       G 168658 C: E 221D 
C 4 4 yes CTCGAG yes 6 G 169398 T: G 26V 
       G 168658 C: E 221D 
C 7 7 yes CTCGAG yes 7 None 
C 13 14-15 yes CTCGAG yes 4 See results 
C 14 16 yes CTCGAG yes 5 C 168964 T: no 
  21-27     G 168658 C: E 221D 
C 30 58 yes CTCGAG yes 4 C 168192 A: H377N 
C 20 45-47 yes CTCGAG yes 5  
C 21 48-49 yes CTCGAG yes 5  
D 26 55 no CTCTAC no 3 G 168658 C: E221D 
       T 169015 G: no 
       C 168192 A: H377N 
D 29 57 no CTCTAC no 4 G 168693 C: D214H 
       A 168191 G: H377R 
D 28 19,20 no CTCTAC no 3 T 168211 C: no 
       C 168640 G: no 
       A 168191 G: H377R 
D 34 62 no CTCTAC no 3 G 168658 C: E221D 
       C 168192 A: H377N 
D 18 38-39 no CTCTAC no 4  
D 22 51 no CTCTAC no 4  
Not grouped 16 18,50# no CTGGAC no 3+  
GroupDonor No.LCL No.Xho I Site Present*Xho I Sequence†LMP-1 30-bp Deletion‡LMP-1 RepeatsρAdditional Single Base Mutations††
A 6 6 yes CTCGAG no 3+ A 168839 G: no 
       TG 168216-15 GA: S369D 
A 10 10 yes CTCGAG no 3+ G169334 C: W48C 
       C 168661 A: N220K 
A 11 11 yes CTCGAG no 3+ T 169051 A: C116S 
A 12 12-13 yes CTCGAG no 3+ A 169015 C: no 
A 33 61 yes CTCGAG no 3+ G 169358 C: W39C 
       A 169207 C: I90L 
A 32 60 yes CTCGAG no 3+ C 168964 T: no 
A 17 28-37 yes CTCGAG no 3+  
A 1 1 yes CTCGAG no 3+  
A 5 5 yes CTCGAG no 3+  
A 19 40-44∥ yes CTCGAG no 3+  
A 23 52 yes CTCGAG no 3+  
A 24 53 yes CTCGAG no 3+  
A 25 54 yes ND no 3+  
A 15 17 yes CTCGAG ND 3+  
B 8 8 yes CTCGAG no 6 G 168653 T: R223I 
       A 169220 C: no 
B 9 9 yes CTCGAG no 6 None 
B 27 56 yes ND no 3  
B 31 59 yes CTCGAG no 4  
C 2 2 yes CTCGAG yes 4 C 169096 A: H101N 
       G 168658 C: E 221D 
C 3 3** yes CTCGAG yes 5 C 168964 T: no 
       G 168658 C: E 221D 
C 4 4 yes CTCGAG yes 6 G 169398 T: G 26V 
       G 168658 C: E 221D 
C 7 7 yes CTCGAG yes 7 None 
C 13 14-15 yes CTCGAG yes 4 See results 
C 14 16 yes CTCGAG yes 5 C 168964 T: no 
  21-27     G 168658 C: E 221D 
C 30 58 yes CTCGAG yes 4 C 168192 A: H377N 
C 20 45-47 yes CTCGAG yes 5  
C 21 48-49 yes CTCGAG yes 5  
D 26 55 no CTCTAC no 3 G 168658 C: E221D 
       T 169015 G: no 
       C 168192 A: H377N 
D 29 57 no CTCTAC no 4 G 168693 C: D214H 
       A 168191 G: H377R 
D 28 19,20 no CTCTAC no 3 T 168211 C: no 
       C 168640 G: no 
       A 168191 G: H377R 
D 34 62 no CTCTAC no 3 G 168658 C: E221D 
       C 168192 A: H377N 
D 18 38-39 no CTCTAC no 4  
D 22 51 no CTCTAC no 4  
Not grouped 16 18,50# no CTGGAC no 3+  

Shading identifies donors from whom isolates have been sequenced from position 169835 (−320 compared to transcription start of LMP-1) to position 168125 (downstream to the LMP-1 stop codon). In the rest of the cases a smaller part of the promoter and only selected parts of the gene were sequenced (see Materials and Methods). LCL no. 1 to 11: LCLs from normal donors; 12 to 20: LCLs from pretransplant patients; 21 to 62: LCLs from posttransplant patients; *: Detection of the Xho I restriction site (C↓TCGAG: 169428-169423) on the EBV genome (according to Baer et al33 ); †: The sequencing result at the Xho I restriction site (CTCGAG: 169428-169423); underlining indicates mutations compared to B95.8; ‡: Presence or absence of the 30-bp deletion (position: 168287-168256); ρ: Number of 33-bp repeats in the repeat region of the LMP-1 gene (position: 168555-168400), 3+ indicates a repeat region identical to B95.8; ∥, ¶, #: indicate LCLs established from the same individual from serial blood samples; **: This EBV isolate was EBV subtype B, the rest were subtype A. ††Additional single base mutations detected and eventual amino acid changes.

Abbreviation: ND, not done.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal