TCR BV clonality and frequency in TFH and non-TFH cells
| TCR-βV . | TFH . | Non-TFH . | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tumor . | Nontumor . | Tumor . | Nontumor: . | |||||||||||||||||||||
| Enlarged LN . | Normal LN . | Roquinsan/+ (mouse 4) . | Roquin+/+ (mouse 6) . | Enlarged LN . | Normal LN . | |||||||||||||||||||
| Mouse 1 . | Mouse 2 . | Mouse 3 . | Mouse 1 . | Mouse 2 . | Mouse 1 . | Mouse 5 . | Mouse 1 . | Mouse 5 . | Roquinsan/+ (mouse 4) . | |||||||||||||||
| BV1 | C | < 1 | IN | 12 | C | 22 | P | 25 | C | 11 | C | 15 | P | 5 | P | 10 | P | 2 | P | 12 | O | 3 | O | 4 |
| BV2 | C | 2 | IN | 2 | NA | P | 20 | C | < 1 | NA | P | 5 | P | 4 | NA | O | 4 | P | 11 | C | < 1 | |||
| BV3 | O | < 1 | NA | O | 14 | NA | IN | 8 | NA | P | 6 | O | 3 | NA | P | 6 | NA | C | 11 | |||||
| BV4 | O | 12 | O | 5 | C | 9 | C | 18 | O | 8 | P | < 1 | P | 3 | O | 6 | NA | P | 8 | NA | O | 5 | ||
| BV5 | NA | NA | O | 9 | NA | NA | NA | IN | 8 | NA | P | 5 | P | 11 | P | 26 | NA | |||||||
| BV12-1 | C | 7 | C | 5 | NA | NA | O | 11 | NA | P | 5 | C | 2 | O | 3 | O | 1 | P | 1 | NA | ||||
| BV12-2 | C | 1 | P | 1 | NA | C | < 1 | C | 1 | NA | P | 1 | C | 1 | O | 1 | P | 1 | C | 2 | IN | 13 | ||
| BV13-1 | C | 3 | NA | NA | NA | NA | O | 26 | P | 6 | P | 6 | O | 1 | NA | O | 3 | O | 2 | |||||
| BV13-2 | C | 9 | C | 12 | O | < 1 | NA | C | 13 | C | 48 | P | 10 | P | 13 | P | 40 | P | 9 | O | 11 | O | 13 | |
| BV13-3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | P | 10 | NA | P | 8 | P | 11 | NA | ||||||||
| BV14 | O | 10 | P | 37 | P | 10 | NA | NA | NA | P | 2 | P | 5 | NA | O | 2 | O | 4 | C | 3 | ||||
| BV15 | C | 8 | IN | 2 | IN | 10 | NA | O | 4 | NA | P | 5 | O | 3 | P | 5 | C | 4 | O | 9 | C | 1 | ||
| BV16 | P | 18 | P | 6 | O | 14 | NA | P | 8 | NA | P | 9 | P | 9 | P | 9 | P | 5 | O | 4 | O | 3 | ||
| BV17 | C | 11 | NA | NA | NA | C | 5 | NA | IN | 3 | C | 3 | C | 1 | P | 1 | C | 2 | NA | |||||
| BV19 | NA | O | 6 | NA | NA | C | 12 | NA | P | 6 | C | 3 | P | 10 | P | 5 | C | 2 | C | 14 | ||||
| BV20 | O | 2 | C | < 1 | NA | NA | C | 3 | C | 11 | IN | 3 | O | 5 | C | 6 | O | 2 | C | 3 | C | < 1 | ||
| BV23 | O | 10 | C | 7 | NA | NA | NA | NA | O | 1 | C | 1 | C | 2 | C | 8 | NA | NA | ||||||
| BV24 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | ||||||||||||
| BV26 | NA | NA | NA | P | 36 | IN | 5 | NA | P | 4 | C | 1 | C | 2 | P | 4 | O | 1 | C | 7 | ||||
| BV29 | NA | C | 5 | C | 7 | NA | NA | NA | IN | 5 | P | 3 | C | 2 | P | 3 | C | 1 | P | 13 | ||||
| BV30 | IN | 6 | NA | NA | P | 36 | NA | C | < 1 | C | 1 | C | 2 | NA | C | 1 | NA | NA | ||||||
| BV31 | NA | NA | C | 7 | NA | P | 12 | NA | O | 8 | O | 8 | O | 10 | P | 5 | O | 5 | P | 12 | ||||
| TCR-βV . | TFH . | Non-TFH . | ||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tumor . | Nontumor . | Tumor . | Nontumor: . | |||||||||||||||||||||
| Enlarged LN . | Normal LN . | Roquinsan/+ (mouse 4) . | Roquin+/+ (mouse 6) . | Enlarged LN . | Normal LN . | |||||||||||||||||||
| Mouse 1 . | Mouse 2 . | Mouse 3 . | Mouse 1 . | Mouse 2 . | Mouse 1 . | Mouse 5 . | Mouse 1 . | Mouse 5 . | Roquinsan/+ (mouse 4) . | |||||||||||||||
| BV1 | C | < 1 | IN | 12 | C | 22 | P | 25 | C | 11 | C | 15 | P | 5 | P | 10 | P | 2 | P | 12 | O | 3 | O | 4 |
| BV2 | C | 2 | IN | 2 | NA | P | 20 | C | < 1 | NA | P | 5 | P | 4 | NA | O | 4 | P | 11 | C | < 1 | |||
| BV3 | O | < 1 | NA | O | 14 | NA | IN | 8 | NA | P | 6 | O | 3 | NA | P | 6 | NA | C | 11 | |||||
| BV4 | O | 12 | O | 5 | C | 9 | C | 18 | O | 8 | P | < 1 | P | 3 | O | 6 | NA | P | 8 | NA | O | 5 | ||
| BV5 | NA | NA | O | 9 | NA | NA | NA | IN | 8 | NA | P | 5 | P | 11 | P | 26 | NA | |||||||
| BV12-1 | C | 7 | C | 5 | NA | NA | O | 11 | NA | P | 5 | C | 2 | O | 3 | O | 1 | P | 1 | NA | ||||
| BV12-2 | C | 1 | P | 1 | NA | C | < 1 | C | 1 | NA | P | 1 | C | 1 | O | 1 | P | 1 | C | 2 | IN | 13 | ||
| BV13-1 | C | 3 | NA | NA | NA | NA | O | 26 | P | 6 | P | 6 | O | 1 | NA | O | 3 | O | 2 | |||||
| BV13-2 | C | 9 | C | 12 | O | < 1 | NA | C | 13 | C | 48 | P | 10 | P | 13 | P | 40 | P | 9 | O | 11 | O | 13 | |
| BV13-3 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 7 | P | 10 | NA | P | 8 | P | 11 | NA | ||||||||
| BV14 | O | 10 | P | 37 | P | 10 | NA | NA | NA | P | 2 | P | 5 | NA | O | 2 | O | 4 | C | 3 | ||||
| BV15 | C | 8 | IN | 2 | IN | 10 | NA | O | 4 | NA | P | 5 | O | 3 | P | 5 | C | 4 | O | 9 | C | 1 | ||
| BV16 | P | 18 | P | 6 | O | 14 | NA | P | 8 | NA | P | 9 | P | 9 | P | 9 | P | 5 | O | 4 | O | 3 | ||
| BV17 | C | 11 | NA | NA | NA | C | 5 | NA | IN | 3 | C | 3 | C | 1 | P | 1 | C | 2 | NA | |||||
| BV19 | NA | O | 6 | NA | NA | C | 12 | NA | P | 6 | C | 3 | P | 10 | P | 5 | C | 2 | C | 14 | ||||
| BV20 | O | 2 | C | < 1 | NA | NA | C | 3 | C | 11 | IN | 3 | O | 5 | C | 6 | O | 2 | C | 3 | C | < 1 | ||
| BV23 | O | 10 | C | 7 | NA | NA | NA | NA | O | 1 | C | 1 | C | 2 | C | 8 | NA | NA | ||||||
| BV24 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | ||||||||||||
| BV26 | NA | NA | NA | P | 36 | IN | 5 | NA | P | 4 | C | 1 | C | 2 | P | 4 | O | 1 | C | 7 | ||||
| BV29 | NA | C | 5 | C | 7 | NA | NA | NA | IN | 5 | P | 3 | C | 2 | P | 3 | C | 1 | P | 13 | ||||
| BV30 | IN | 6 | NA | NA | P | 36 | NA | C | < 1 | C | 1 | C | 2 | NA | C | 1 | NA | NA | ||||||
| BV31 | NA | NA | C | 7 | NA | P | 12 | NA | O | 8 | O | 8 | O | 10 | P | 5 | O | 5 | P | 12 | ||||
Values are the percentage of total TCR-βV chain mRNA.
C indicates clonal; O, oligoclonal; P, polyclonal; NA, not amplified (mRNA product not detected); and IN, inconclusive (mRNA detected, but CDR3 spectratyping inconclusive).