Table 1

Microarray- and qPCR-derived differential expression data for genes encoding ISGs in HIV-1–treated MDDCs

SymbolAccession no.6 Hours
24 Hours
48 Hours
ArrayqPCRArrayqPCRArrayqPCR
IFNA All isoforms No change No change No change No change No change No change 
IFNB NM_002176 No change No change No change No change No change No change 
IFNG NM_000619 No change No change No change No change No change No change 
MX1* NM_002462 2.3 3.2 10.6 7.0 6.8 7.8 
OAS1* NM_016816 1.8 2.0 3.7 5.5 1.9 3.0 
IRF-1* NM_002198 2.0 2.6 3.4 4.7 2.0 7.4 
IRF-2* NM_002199 No change No change 1.3 1.6 1.9 2.7 
IRF-4* NM_002460 No change No change 1.5 4.0 1.3 4.4 
ISG15* NM_005101 2.3 1.8 9.9 9.5 4.7 8.0 
SOCS3 NM_003955 1.6 1.8 2.0 2.0 3.1 8.0 
IL10RB NM_000628 — No change 1.8 3.9 1.5 2.6 
STAT3* NM_139276 1.7 1.3 1.7 3.5 1.7 2.9 
STAT1 NM_139266 No change † 2.1 † 2.3 † 
IFI35* NM_005533 1.3 1.8 3.1 2.1 1.9 5.1 
IL18 NM_001562 No change † 1.5 † 1.4 † 
PSMB9 NM_002800 No change † 1.8 † 1.7 † 
WARS NM_004184 No change † 2.8 † 3.7 † 
NMI NM_004688 — † 1.7 † 1.7 † 
MNDA NM_002432 — † 1.5 † † † 
IFIT5* NM_012420 No change No change 2.1 2.0 2.1 3.8 
IFITM3* NM_021034 1.4 2.3 4.4 4.8 2.1 4.4 
OAS3 NM_006187 — 2.3 — 4.8 — 5.5 
DDX58* NM_014314 — No change — 6.2 — 18.4 
IFIH1* NM_022168 — No change — 8.3 — 12.9 
PKR NM_002759 — 1.6 — 3.1 — 2.5 
IFIT1* NM_001548 — 4.4 — 6.0 — 3.8 
IFIT2* NM_001547 — 4.5 — 6.0 — 5.0 
IFIT3* NM_001549 — 3.8  9.7 — 18 
IFITM1* NM_003641 — 2.2 — 5.7 — 15.2 
RSAD2* NM_080658 — 1.8 — 2.6 — 4.7 
SymbolAccession no.6 Hours
24 Hours
48 Hours
ArrayqPCRArrayqPCRArrayqPCR
IFNA All isoforms No change No change No change No change No change No change 
IFNB NM_002176 No change No change No change No change No change No change 
IFNG NM_000619 No change No change No change No change No change No change 
MX1* NM_002462 2.3 3.2 10.6 7.0 6.8 7.8 
OAS1* NM_016816 1.8 2.0 3.7 5.5 1.9 3.0 
IRF-1* NM_002198 2.0 2.6 3.4 4.7 2.0 7.4 
IRF-2* NM_002199 No change No change 1.3 1.6 1.9 2.7 
IRF-4* NM_002460 No change No change 1.5 4.0 1.3 4.4 
ISG15* NM_005101 2.3 1.8 9.9 9.5 4.7 8.0 
SOCS3 NM_003955 1.6 1.8 2.0 2.0 3.1 8.0 
IL10RB NM_000628 — No change 1.8 3.9 1.5 2.6 
STAT3* NM_139276 1.7 1.3 1.7 3.5 1.7 2.9 
STAT1 NM_139266 No change † 2.1 † 2.3 † 
IFI35* NM_005533 1.3 1.8 3.1 2.1 1.9 5.1 
IL18 NM_001562 No change † 1.5 † 1.4 † 
PSMB9 NM_002800 No change † 1.8 † 1.7 † 
WARS NM_004184 No change † 2.8 † 3.7 † 
NMI NM_004688 — † 1.7 † 1.7 † 
MNDA NM_002432 — † 1.5 † † † 
IFIT5* NM_012420 No change No change 2.1 2.0 2.1 3.8 
IFITM3* NM_021034 1.4 2.3 4.4 4.8 2.1 4.4 
OAS3 NM_006187 — 2.3 — 4.8 — 5.5 
DDX58* NM_014314 — No change — 6.2 — 18.4 
IFIH1* NM_022168 — No change — 8.3 — 12.9 
PKR NM_002759 — 1.6 — 3.1 — 2.5 
IFIT1* NM_001548 — 4.4 — 6.0 — 3.8 
IFIT2* NM_001547 — 4.5 — 6.0 — 5.0 
IFIT3* NM_001549 — 3.8  9.7 — 18 
IFITM1* NM_003641 — 2.2 — 5.7 — 15.2 
RSAD2* NM_080658 — 1.8 — 2.6 — 4.7 

Day 6 MDDCs were treated with HIV-1BaL (MOI, 10), and ISG expression was determined by qPCR or 8K cDNA microarrays. Differential expression data are presented for HIV-1– versus mock-treated cells at 6, 24, and 48 hours after treatment from 4 independent experiments.

The — indicates that no microarray data were available.

*

Expression of this gene was shown to be driven by IRF-1 in 293T cells (see Table 4).

†

qPCR was not performed to confirm the expression of this gene.

View Large
This Feature Is Available To Subscribers Only

or Create an Account

Close Modal
Close Modal